;; topology file for a DMTAP lipid (+1), created by Gurtovenko ;; from dppc.itp taken from the Tieleman's home page (http://moose.bio.ucalgary.ca/) ;; by replacing PC head by TAP head and by shortening the DPPC acyl chains by two hydrocarbons ;; Needs lipid.itp (http://moose.bio.ucalgary.ca/) or ;; one can use Gromacs force-field files (ffgmx*.itp) with incorporated ;; parameters from lipid.itp (available through http://www.gromacs.org/). ;; ;; If you use this topology file, please cite: ;; A. A. Gurtovenko, M. Patra, M. Karttunen, and I. Vattulainen ;; Cationic DMPC/DMTAP Lipid Bilayers: Molecular Dynamics Study ;; Biophysical Journal 86, pp 3461-3472 (2004). [ moleculetype ] ; Name nrexcl DMTAP 3 [ atoms ] ; nr type resnr residu atom cgnr charge mass 1 LC3 1 DMTA C1 0 0.4000 15.0350 ; qtot: 2 LC3 1 DMTA C2 0 0.4000 15.0350 ; qtot: 3 LC3 1 DMTA C3 0 0.4000 15.0350 ; qtot: 4 LNL 1 DMTA N4 0 -0.5000 14.0067 ; qtot: 5 LH2 1 DMTA C5 0 0.3000 14.0270 ; qtot: 6 LH1 1 DMTA C13 1 0.5000 13.0190 ; q_old:0.3 7 LOS 1 DMTA O14 1 -0.7000 15.9994 ; qtot: 8 LC 1 DMTA C15 1 0.8000 12.0110 ; q_old:0.7 9 LO 1 DMTA O16 1 -0.6000 15.9994 ; q_old:-0.7 10 LP2 1 DMTA C17 2 0.0 14.0270 ; qtot: 11 LP2 1 DMTA C18 3 0 14.0270 ; qtot: 12 LP2 1 DMTA C19 4 0 14.0270 ; qtot: 13 LP2 1 DMTA C20 5 0 14.0270 ; qtot: 14 LP2 1 DMTA C21 6 0 14.0270 ; qtot: 15 LP2 1 DMTA C22 7 0 14.0270 ; qtot: 16 LP2 1 DMTA C23 8 0 14.0270 ; qtot: 17 LP2 1 DMTA C24 9 0 14.0270 ; qtot: 18 LP2 1 DMTA C25 10 0 14.0270 ; qtot: 19 LP2 1 DMTA C26 11 0 14.0270 ; qtot: 20 LP2 1 DMTA C27 12 0 14.0270 ; qtot: 21 LP2 1 DMTA C28 13 0 14.0270 ; qtot: 22 LP3 1 DMTA C29 14 0 15.0350 ; qtot: 23 LC2 1 DMTA C30 15 0.50 14.0270 ; qtot: 24 LOS 1 DMTA O31 15 -0.70 15.9994 ; qtot: 25 LC 1 DMTA C32 15 0.800 12.0110 ; qtot: 26 LO 1 DMTA O33 15 -0.60 15.9994 ; qtot: 27 LP2 1 DMTA C34 16 0 14.0270 ; qtot: 28 LP2 1 DMTA C35 17 0 14.0270 ; qtot: 29 LP2 1 DMTA C36 18 0 14.0270 ; qtot: 30 LP2 1 DMTA C37 19 0 14.0270 ; qtot: 31 LP2 1 DMTA C38 20 0 14.0270 ; qtot: 32 LP2 1 DMTA C39 21 0 14.0270 ; qtot: 33 LP2 1 DMTA C40 22 0 14.0270 ; qtot: 34 LP2 1 DMTA C41 23 0 14.0270 ; qtot: 35 LP2 1 DMTA C42 24 0 14.0270 ; qtot: 36 LP2 1 DMTA C43 25 0 14.0270 ; qtot: 37 LP2 1 DMTA C44 26 0 14.0270 ; qtot: 38 LP2 1 DMTA C45 27 0 14.0270 ; qtot: 39 LP3 1 DMTA C46 28 0 15.0350 ; qtot: [ bonds ] ; ai aj funct 4 5 1 0.14700E+00 0.37660E+06 5 6 1 0.15300E+00 0.33470E+06 6 7 1 0.14350E+00 0.25100E+06 6 23 1 0.15300E+00 0.33470E+06 7 8 1 0.13600E+00 0.37660E+06 8 9 1 0.12300E+00 0.50210E+06 8 10 1 0.15300E+00 0.33470E+06 10 11 1 0.15300E+00 0.33470E+06 11 12 1 0.15300E+00 0.33470E+06 12 13 1 0.15300E+00 0.33470E+06 13 14 1 0.15300E+00 0.33470E+06 14 15 1 0.15300E+00 0.33470E+06 15 16 1 0.15300E+00 0.33470E+06 16 17 1 0.15300E+00 0.33470E+06 17 18 1 0.15300E+00 0.33470E+06 18 19 1 0.15300E+00 0.33470E+06 19 20 1 0.15300E+00 0.33470E+06 20 21 1 0.15300E+00 0.33470E+06 21 22 1 0.15300E+00 0.33470E+06 23 24 1 0.14300E+00 0.25100E+06 24 25 1 0.13600E+00 0.37660E+06 25 26 1 0.12300E+00 0.50210E+06 25 27 1 0.15300E+00 0.33470E+06 27 28 1 0.15300E+00 0.33470E+06 28 29 1 0.15300E+00 0.33470E+06 29 30 1 0.15300E+00 0.33470E+06 30 31 1 0.15300E+00 0.33470E+06 31 32 1 0.15300E+00 0.33470E+06 32 33 1 0.15300E+00 0.33470E+06 33 34 1 0.15300E+00 0.33470E+06 34 35 1 0.15300E+00 0.33470E+06 35 36 1 0.15300E+00 0.33470E+06 36 37 1 0.15300E+00 0.33470E+06 37 38 1 0.15300E+00 0.33470E+06 38 39 1 0.15300E+00 0.33470E+06 1 4 1 0.14700E+00 0.37450E+06 2 4 1 0.14700E+00 0.37450E+06 3 4 1 0.14700E+00 0.37450E+06 [ pairs ] ; ai aj funct 1 6 1 2 6 1 3 6 1 4 7 1 4 23 1 5 8 1 5 24 1 6 9 1 6 10 1 6 25 1 7 11 1 7 24 1 8 12 1 8 23 1 9 11 1 23 26 1 23 27 1 24 28 1 25 29 1 26 28 1 [ angles ] ; ai aj ak funct 4 5 6 1 0.10950E+03 0.46020E+03 5 6 7 1 0.10950E+03 0.46020E+03 5 6 23 1 0.10950E+03 0.46020E+03 6 7 8 1 0.12000E+03 0.41840E+03 6 23 24 1 0.11100E+03 0.46020E+03 7 6 23 1 0.10950E+03 0.46020E+03 7 8 9 1 0.12400E+03 0.50210E+03 7 8 10 1 0.11500E+03 0.50210E+03 8 10 11 1 0.11100E+03 0.46020E+03 9 8 10 1 0.12100E+03 0.50210E+03 10 11 12 1 0.11100E+03 0.46020E+03 11 12 13 1 0.11100E+03 0.46020E+03 12 13 14 1 0.11100E+03 0.46020E+03 13 14 15 1 0.11100E+03 0.46020E+03 14 15 16 1 0.11100E+03 0.46020E+03 15 16 17 1 0.11100E+03 0.46020E+03 16 17 18 1 0.11100E+03 0.46020E+03 17 18 19 1 0.11100E+03 0.46020E+03 18 19 20 1 0.11100E+03 0.46020E+03 19 20 21 1 0.11100E+03 0.46020E+03 20 21 22 1 0.11100E+03 0.46020E+03 23 24 25 1 0.12000E+03 0.41840E+03 24 25 26 1 0.12400E+03 0.50210E+03 24 25 27 1 0.11500E+03 0.50210E+03 25 27 28 1 0.11100E+03 0.46020E+03 26 25 27 1 0.12100E+03 0.50210E+03 27 28 29 1 0.11100E+03 0.46020E+03 28 29 30 1 0.11100E+03 0.46020E+03 29 30 31 1 0.11100E+03 0.46020E+03 30 31 32 1 0.11100E+03 0.46020E+03 31 32 33 1 0.11100E+03 0.46020E+03 32 33 34 1 0.11100E+03 0.46020E+03 33 34 35 1 0.11100E+03 0.46020E+03 34 35 36 1 0.11100E+03 0.46020E+03 35 36 37 1 0.11100E+03 0.46020E+03 36 37 38 1 0.11100E+03 0.46020E+03 37 38 39 1 0.11100E+03 0.46020E+03 1 4 2 1 0.10950E+03 0.33470E+03 2 4 3 1 0.10950E+03 0.33470E+03 3 4 1 1 0.10950E+03 0.33470E+03 1 4 5 1 0.10950E+03 0.37660E+03 2 4 5 1 0.10950E+03 0.37660E+03 3 4 5 1 0.10950E+03 0.37660E+03 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct phi0 cp mult 1 4 5 6 1 0.0 3.76 3 4 5 6 7 1 0.0 5.85 3 4 5 6 23 1 0.0 5.85 3 4 5 6 23 1 0.0 0.42 2 5 6 23 24 1 0.0 5.85 3 5 6 23 24 1 0.0 0.42 2 5 6 7 8 1 0.0 3.77 3 6 23 24 25 1 0.0 3.76 3 6 7 8 10 1 180.0 16.74 2 7 6 23 24 1 0.0 2.09 2 7 8 10 11 1 0.0 0.42 6 8 10 11 12 1 0.0 5.86 3 10 11 12 13 3 11 12 13 14 3 12 13 14 15 3 13 14 15 16 3 14 15 16 17 3 15 16 17 18 3 16 17 18 19 3 17 18 19 20 3 18 19 20 21 3 19 20 21 22 3 6 23 24 25 1 0.0 3.76 3 23 24 25 27 1 180.0 16.74 2 24 25 27 28 1 0.0 0.42 6 25 27 28 29 1 0.0 5.86 3 27 28 29 30 3 28 29 30 31 3 29 30 31 32 3 30 31 32 33 3 31 32 33 34 3 32 33 34 35 3 33 34 35 36 3 34 35 36 37 3 35 36 37 38 3 36 37 38 39 3 ; 4 5 6 7 1 0.0 2.09 2 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct 6 7 23 5 2 35.264 0.33470E+03 8 7 10 9 2 0.00000E+00 0.16740E+03 25 24 27 26 2 0.00000E+00 0.16740E+03 #ifdef POSRES_LIPID #include "lipid_posre.itp" #endif