;; topology file for a DMPC lipid, created by Gurtovenko ;; from dppc.itp taken from the Tieleman's home page (http://moose.bio.ucalgary.ca/) ;; by shortening the DPPC acyl chains by two hydrocarbons ;; Needs lipid.itp (http://moose.bio.ucalgary.ca/) or ;; one can use Gromacs force-field files (ffgmx*.itp) with incorporated ;; parameters from lipid.itp (available through http://www.gromacs.org/). ;; ;; If you use this topology file, please cite: ;; A. A. Gurtovenko, M. Patra, M. Karttunen, and I. Vattulainen ;; Cationic DMPC/DMTAP Lipid Bilayers: Molecular Dynamics Study ;; Biophysical Journal 86, pp 3461-3472 (2004). [ moleculetype ] ; Name nrexcl DMPC 3 [ atoms ] ; nr type resnr residu atom cgnr charge mass 1 LC3 1 DMPC C1 0 0.4000 15.0350 ; qtot:0.36 2 LC3 1 DMPC C2 0 0.4000 15.0350 ; qtot:0.72 3 LC3 1 DMPC C3 0 0.4000 15.0350 ; qtot:1.08 4 LNL 1 DMPC N4 0 -0.5000 14.0067 ; qtot:0.76 5 LH2 1 DMPC C5 0 0.3000 14.0270 ; qtot:1.0 6 LC2 1 DMPC C6 1 0.4000 14.0270 ; qtot:1.0 7 LOS 1 DMPC O7 1 -0.8000 15.9994 ; qtot:0.54 8 LP 1 DMPC P8 1 1.7000 30.9738 ; qtot:2.3 9 LOM 1 DMPC O9 1 -0.8000 15.9994 ; qtot:1.5 10 LOM 1 DMPC O10 1 -0.8000 15.9994 ; qtot:0.7 11 LOS 1 DMPC O11 1 -0.7000 15.9994 ; qtot:0 12 LC2 1 DMPC C12 2 0.4000 14.0270 ; qtot:0.08 13 LH1 1 DMPC C13 2 0.3000 13.0190 ; qtot:0.52 14 LOS 1 DMPC O14 2 -0.7000 15.9994 ; qtot:-0.14 15 LC 1 DMPC C15 2 0.7000 12.0110 ; qtot:0.56 16 LO 1 DMPC O16 2 -0.7000 15.9994 ; qtot:0.0 17 LP2 1 DMPC C17 3 0.0 14.0270 ; qtot: 18 LP2 1 DMPC C18 4 0.0 14.0270 ; qtot: 19 LP2 1 DMPC C19 5 0.0 14.0270 ; qtot: 20 LP2 1 DMPC C20 6 0.0 14.0270 ; qtot: 21 LP2 1 DMPC C21 7 0.0 14.0270 ; qtot: 22 LP2 1 DMPC C22 8 0.0 14.0270 ; qtot: 23 LP2 1 DMPC C23 9 0.0 14.0270 ; qtot: 24 LP2 1 DMPC C24 10 0.0 14.0270 ; qtot: 25 LP2 1 DMPC C25 11 0.0 14.0270 ; qtot: 26 LP2 1 DMPC C26 12 0.0 14.0270 ; qtot: 27 LP2 1 DMPC C27 13 0.0 14.0270 ; qtot: 28 LP2 1 DMPC C28 14 0.0 14.0270 ; qtot: 29 LP3 1 DMPC C29 15 0.0 15.0350 ; qtot: 30 LC2 1 DMPC C30 16 0.5000 14.0270 ; qtot: 31 LOS 1 DMPC O31 16 -0.7000 15.9994 ; qtot: 32 LC 1 DMPC C32 16 0.8000 12.0110 ; qtot: 33 LO 1 DMPC O33 16 -0.6000 15.9994 ; qtot: 34 LP2 1 DMPC C34 17 0.0 14.0270 ; qtot: 35 LP2 1 DMPC C35 18 0.0 14.0270 ; qtot: 36 LP2 1 DMPC C36 19 0.0 14.0270 ; qtot: 37 LP2 1 DMPC C37 20 0.0 14.0270 ; qtot: 38 LP2 1 DMPC C38 21 0.0 14.0270 ; qtot: 39 LP2 1 DMPC C39 22 0.0 14.0270 ; qtot: 40 LP2 1 DMPC C40 23 0.0 14.0270 ; qtot: 41 LP2 1 DMPC C41 24 0.0 14.0270 ; qtot: 42 LP2 1 DMPC C42 25 0.0 14.0270 ; qtot: 43 LP2 1 DMPC C43 26 0.0 14.0270 ; qtot: 44 LP2 1 DMPC C44 27 0.0 14.0270 ; qtot: 45 LP2 1 DMPC C45 28 0.0 14.0270 ; qtot: 46 LP3 1 DMPC C46 29 0.0 15.0350 ; qtot: [ bonds ] ; ai aj funct 4 5 1 0.14700E+00 0.37660E+06 5 6 1 0.15300E+00 0.33470E+06 6 7 1 0.14300E+00 0.25100E+06 7 8 1 0.16100E+00 0.25100E+06 8 9 1 0.14800E+00 0.37660E+06 8 10 1 0.14800E+00 0.37660E+06 8 11 1 0.16100E+00 0.25100E+06 11 12 1 0.14300E+00 0.25100E+06 12 13 1 0.15300E+00 0.33470E+06 13 14 1 0.14350E+00 0.25100E+06 13 30 1 0.15300E+00 0.33470E+06 14 15 1 0.13600E+00 0.37660E+06 15 16 1 0.12300E+00 0.50210E+06 15 17 1 0.15300E+00 0.33470E+06 17 18 1 0.15300E+00 0.33470E+06 18 19 1 0.15300E+00 0.33470E+06 19 20 1 0.15300E+00 0.33470E+06 20 21 1 0.15300E+00 0.33470E+06 21 22 1 0.15300E+00 0.33470E+06 22 23 1 0.15300E+00 0.33470E+06 23 24 1 0.15300E+00 0.33470E+06 24 25 1 0.15300E+00 0.33470E+06 25 26 1 0.15300E+00 0.33470E+06 26 27 1 0.15300E+00 0.33470E+06 27 28 1 0.15300E+00 0.33470E+06 28 29 1 0.15300E+00 0.33470E+06 30 31 1 0.14300E+00 0.25100E+06 31 32 1 0.13600E+00 0.37660E+06 32 33 1 0.12300E+00 0.50210E+06 32 34 1 0.15300E+00 0.33470E+06 34 35 1 0.15300E+00 0.33470E+06 35 36 1 0.15300E+00 0.33470E+06 36 37 1 0.15300E+00 0.33470E+06 37 38 1 0.15300E+00 0.33470E+06 38 39 1 0.15300E+00 0.33470E+06 39 40 1 0.15300E+00 0.33470E+06 40 41 1 0.15300E+00 0.33470E+06 41 42 1 0.15300E+00 0.33470E+06 42 43 1 0.15300E+00 0.33470E+06 43 44 1 0.15300E+00 0.33470E+06 44 45 1 0.15300E+00 0.33470E+06 45 46 1 0.15300E+00 0.33470E+06 1 4 1 0.14700E+00 0.37450E+06 2 4 1 0.14700E+00 0.37450E+06 3 4 1 0.14700E+00 0.37450E+06 [ pairs ] ; ai aj funct 1 6 1 2 6 1 3 6 1 4 7 1 5 8 1 6 9 1 6 10 1 6 11 1 7 12 1 8 13 1 9 12 1 10 12 1 11 14 1 11 30 1 12 15 1 12 31 1 13 16 1 13 17 1 13 32 1 14 18 1 14 31 1 15 19 1 15 30 1 16 18 1 30 33 1 30 34 1 31 35 1 32 36 1 33 35 1 [ angles ] ; ai aj ak funct 4 5 6 1 0.10950E+03 0.46020E+03 5 6 7 1 0.10950E+03 0.46020E+03 6 7 8 1 0.12000E+03 0.39750E+03 7 8 9 1 0.10960E+03 0.39750E+03 7 8 10 1 0.10960E+03 0.39750E+03 7 8 11 1 0.10300E+03 0.39750E+03 8 11 12 1 0.12000E+03 0.39750E+03 9 8 10 1 0.12000E+03 0.58580E+03 9 8 11 1 0.10960E+03 0.39750E+03 10 8 11 1 0.10960E+03 0.39750E+03 11 12 13 1 0.11100E+03 0.46020E+03 12 13 14 1 0.10950E+03 0.46020E+03 12 13 30 1 0.10950E+03 0.46020E+03 13 14 15 1 0.12000E+03 0.41840E+03 13 30 31 1 0.11100E+03 0.46020E+03 14 13 30 1 0.10950E+03 0.46020E+03 14 15 16 1 0.12400E+03 0.50210E+03 14 15 17 1 0.11500E+03 0.50210E+03 15 17 18 1 0.11100E+03 0.46020E+03 16 15 17 1 0.12100E+03 0.50210E+03 17 18 19 1 0.11100E+03 0.46020E+03 18 19 20 1 0.11100E+03 0.46020E+03 19 20 21 1 0.11100E+03 0.46020E+03 20 21 22 1 0.11100E+03 0.46020E+03 21 22 23 1 0.11100E+03 0.46020E+03 22 23 24 1 0.11100E+03 0.46020E+03 23 24 25 1 0.11100E+03 0.46020E+03 24 25 26 1 0.11100E+03 0.46020E+03 25 26 27 1 0.11100E+03 0.46020E+03 26 27 28 1 0.11100E+03 0.46020E+03 27 28 29 1 0.11100E+03 0.46020E+03 30 31 32 1 0.12000E+03 0.41840E+03 31 32 33 1 0.12400E+03 0.50210E+03 31 32 34 1 0.11500E+03 0.50210E+03 32 34 35 1 0.11100E+03 0.46020E+03 33 32 34 1 0.12100E+03 0.50210E+03 34 35 36 1 0.11100E+03 0.46020E+03 35 36 37 1 0.11100E+03 0.46020E+03 36 37 38 1 0.11100E+03 0.46020E+03 37 38 39 1 0.11100E+03 0.46020E+03 38 39 40 1 0.11100E+03 0.46020E+03 39 40 41 1 0.11100E+03 0.46020E+03 40 41 42 1 0.11100E+03 0.46020E+03 41 42 43 1 0.11100E+03 0.46020E+03 42 43 44 1 0.11100E+03 0.46020E+03 43 44 45 1 0.11100E+03 0.46020E+03 44 45 46 1 0.11100E+03 0.46020E+03 1 4 2 1 0.10950E+03 0.33470E+03 2 4 3 1 0.10950E+03 0.33470E+03 3 4 1 1 0.10950E+03 0.33470E+03 1 4 5 1 0.10950E+03 0.37660E+03 2 4 5 1 0.10950E+03 0.37660E+03 3 4 5 1 0.10950E+03 0.37660E+03 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct phi0 cp mult 1 4 5 6 1 0.0 3.76 3 4 5 6 7 1 0.0 5.85 3 5 6 7 8 1 0.0 3.76 3 6 7 8 11 1 0.0 1.05 3 6 7 8 11 1 0.0 3.14 2 7 8 11 12 1 0.0 1.05 3 7 8 11 12 1 0.0 3.14 2 8 11 12 13 1 0.0 3.76 3 11 12 13 14 1 0.0 2.09 2 11 12 13 30 1 0.0 5.85 3 11 12 13 30 1 0.0 0.42 2 12 13 30 31 1 0.0 5.85 3 12 13 30 31 1 0.0 0.42 2 12 13 14 15 1 0.0 3.77 3 13 30 31 32 1 0.0 3.76 3 13 14 15 17 1 180.0 16.74 2 14 13 30 31 1 0.0 2.09 2 14 15 17 18 1 0.0 0.42 6 15 17 18 19 1 0.0 5.86 3 17 18 19 20 3 18 19 20 21 3 19 20 21 22 3 20 21 22 23 3 21 22 23 24 3 22 23 24 25 3 23 24 25 26 3 24 25 26 27 3 25 26 27 28 3 26 27 28 29 3 13 30 31 32 1 0.0 3.76 3 30 31 32 34 1 180.0 16.74 2 31 32 34 35 1 0.0 0.42 6 32 34 35 36 1 0.0 5.86 3 34 35 36 37 3 35 36 37 38 3 36 37 38 39 3 37 38 39 40 3 38 39 40 41 3 39 40 41 42 3 40 41 42 43 3 41 42 43 44 3 42 43 44 45 3 43 44 45 46 3 [ dihedrals ] ; ai aj ak al funct 13 14 30 12 2 35.264 0.33470E+03 15 14 17 16 2 0.00000E+00 0.16740E+03 32 31 34 33 2 0.00000E+00 0.16740E+03 #ifdef POSRES_LIPID #include "lipid_posre.itp" #endif